Czasy powojenne Latem 1946 r. na własną prośbę został prefektem Gimnazjum im. M. Konopnickiej w Radomiu. Rok później objął dodatkowo obowiązki kapelana szpitala św. Kazimierza. Pracę duszpasterską łączył ze studiami na Wydziale Teologicznym Uniwersytetu Jagiellońskiego. W 1950 r., po obronie pracy „Egoizm u młodzieży” otrzymał stopień magistra. W tym samym roku został zwolniony z pracy w szkole. Zarzucono mu sianie fermentu w szkole i podburzanie młodzieży do czynnych wystąpień przeciw dyrekcji w obronie rzekomo znieważonego krzyża.
W styczniu 1950 r. ks. Sikorski został wikariuszem parafii św. Jana Chrzciciela w Radomiu. 9 miesięcy później przeniesiono go do Tczowa, skąd trafił na probostwo w Głowaczowie. W 1952 r. Wydział Oświaty Prezydium WRN w Kielcach odmówił mu prawa do pracy w szkołach na terenie jego parafii. Dwa lata później został wicedziekanem kozienickim. Przez wiele lat zabiegał o zezwolenie na odbudowę zniszczonego w czasie wojny kościoła w Głowaczowie. Rozpoczętą w 1955 r. budowę zakończył po 11 latach. W okresie odwilży pozwolono mu wrócić do szkoły i zająć się katechizacją. W styczniu 1960 r. Inspektorat Oświaty w Kozienicach pozbawił go prawa nauczania w szkołach w Głowaczowie i Lipie za rzekome „stosowanie kar cielesnych w stosunku do uczniów”.