Model GP6 był lżejszą i mocniejszą konstrukcją od swojego poprzednika, oferując ulepszoną aerodynamikę oraz zoptymalizowaną pozycję zbiornika paliwa. Złagodzono dostarczanie mocy, co sprawiło, że GP6 osiągało mniejszą prędkość maksymalną, jednak z korzyścią dla zwinności w zakrętach. Nowym partnerem Capirossiego został Hiszpan Sete Gibernau. Po owocnych zimowych testach, Capirossi wygrał wyścig otwierający sezon na torze Jerez, przez jakiś czas był nawet liderem klasyfikacji generalnej, ale podczas Grand Prix Katalonii Gibernau, chcąc opóźnić hamowanie, zderzył się z Włochem i obaj wylądowali w szpitalu omijając tym samym następne zawody w Holandii. Hiszpan doznał urazu obojczyka i zastąpił go Niemiec Alex Hofmann, Capirossi wrócił na Grand Prix Wielkiej Brytanii. Kolejny pech sprawił, że po kolizji z Caseyem Stonerem Gibernau nie wziął udziału w kończącym rok Grand Prix Walencji, tym razem jego zastępcą był Troy Bayliss, który niespodziewanie wygrał swój pierwszy wyścig MotoGP, wyprzedzając Lorisa Capirossiego o 1 ponad sekundę.