Po 1945 i wysiedleniu Polaków ze Lwowa udało mu się pozostać w mieście. Decyzją Ministerstwa Szkolnictwa Wyższego ZSRR, z 25 grudnia 1948 uzyskuje stopień doktora nauk, który odpowiadał habilitacji. Odbyło się to na podstawie dorobku ocenionego przez komisję atestacyjną. Na podstawie innej decyzji z tego samego dnia, został mianowany profesorem nauk biologicznych i kierownikiem katedry farmakognozji. W latach 1946–1950 pełnił funkcję dziekana Wydziału Farmacji Lwowskiego Instytutu Medycznego. W 1963 r. Wilczyński przyjechał do Krakowa i odwiedził rodzinę w Bochni. Była to już jego ostatnia wizyta w Polsce. W 1964 przeszedł na emeryturę.
Był ostatnim żyjącym uczniem pioniera ochrony przyrody w Polsce prof. Mariana Raciborskiego. Swoje zbiory zgromadzone podczas pracy zawodowej przekazał do Instytutu Biologii PAN w Krakowie na potrzeby nauki polskiej.
Nie założył rodziny. Zmarł w samotności we Lwowie i został pochowany na nekropolii Łyczakowskiej.
Bibliografia Krzysztof Duda, Profesor Tadeusz Wilczyński (1888–1981) – lwowianin z wyboru, kuriergalicyjski.com Rostyslav M. Gulko, Sad likarskich roslin u Lwowi, Winnicja 2006, s. 3-24. Krzysztof Duda, Tadeusz Wilczyński (1888-1981) - uczony i pasjonat, [w:] K. Duda, J. Skłodowski, red., Dziedzictwo kulturowe Karpat, t. 1, Kraków 2018, s.