Początkowo został skazany na śmierć, wyrok został jednak zrewidowany i ostatecznie hierarcha został jedynie zmuszony do wyjazdu do Moskwy. Nastąpiło to w grudniu 1924.
Przebywając w Moskwie bez prawa wyjazdu do innej miejscowości, arcybiskup Prokopiusz służył w różnych parafiach, nie będąc stale przypisanym do żadnej placówki duszpasterskiej. Utrzymywał kontakty z innymi biskupami (często będącymi w analogicznej sytuacji), brał udział w uroczystym pogrzebie patriarchy moskiewskiego i całej Rusi Tichona, zaś 12 kwietnia 1925 podpisał akt mianowania metropolity krutickiego Piotra locum tenens Patriarchatu Moskiewskiego. W czerwcu tego samego roku otrzymał godność arcybiskupią. W listopadzie 1925 został aresztowany razem z metropolitą Piotrem i całą grupą innych biskupów (byli w niej m.in. Parteniusz (Brianskich), Pachomiusz (Kiedrow), Guriasz (Stiepanow) i Damaskin (Cedryk)), kapłanów i świeckich, oskarżony o członkostwo w antypaństwowej organizacji monarchistycznej. Do czerwca 1926 był przetrzymywany w więzieniu na Butyrkach, a następnie skierowany do łagru w dawnym Monasterze Sołowieckim.