przeniósł się do Łodzi, czynny był tu już od roku zakład fotograficzny Dominika Zonera.
20 października 1862 roku jako aktywny uczestnik organizacji spiskowej przygotowującej powstanie styczniowe został mianowany przez Komitet Centralny Narodowy tajnym powstańczym naczelnikiem miasta. Akt nominacyjny zachował się w Muzeum Miasta ŁodziOfiarowała go w 1998 roku Jadwiga Zaborowska z Zajączkowskich. . Zajączkowski wspólnie z ks. Józefem Czajkowskim, Teodorem Rybickim, Ludwikiem Kozubskim i Leonem Tuczyńskim zorganizował oddział powstańców łódzkich, który później walczył na Ziemi Sieradzkiej. Zajączkowski został jednak zdekonspirowany, w związku z czym w 1863 roku przeniósł się do Zgierza, gdzie przez kilka miesięcy pełnił obowiązki naczelnika okręgowego organizacji cywilnej powiatu łęczyckiego. W obawie przed aresztowaniem przedostał się w sierpniu 1863 roku z Królestwa Polskiego (zabór rosyjski) do Galicji (zabór austriacki) i osiadł w Krakowie.
Nie później niż w październiku 1863 roku w Krakowie otworzył zakład fotograficzny, który prowadził w Hotelu Narodowym przy ul. Poselskiej 22.