Mchedrioni brali udział w wojnie w Abchazji i w Osetii.
10 marca 1992 Rada Wojskowa utworzyła Radę Państwa Republiki Gruzji; Ioseliani znalazł się w jej Prezydium razem z Kitowanim, Siguą i Szewardnadzem. Organ ten kolektywnie wykonywał obowiązki prezydenta. Nadal kierował Mchedrioni, co gwarantowało mu utrzymywanie się w elicie władzy w państwie. Początkowo nieformalnie sprzymierzył się z Szewardnadzem przeciwko Kitowaniemu i Sigui. We wrześniu 1993 stanął na czele Tymczasowego Komitetu Stanu Wyjątkowego, którego celem miało być zdławienie powstania zwolenników Gamsachurdii w Megrelii. Powierzono mu także kierowanie negocjacjami między rządem centralnym Gruzji a przedstawicielami quasi-państw abchaskiego i osetyjskiego. Działalność Mchedrioni czyniła jednak jego działania na obydwu polach nieskutecznymi. Dopiero w październiku 1993, przy pomocy wojsk WNP8 października 1993 prezydent Eduard Szewardnadze zapowiedział akces Gruzji do tejże organizacji., Ioseliani rozbił siły wierne obalonemu prezydentowi i do stycznia 1994 opanował całą Megrelię.