Aresztowany został w czerwcu roku następnego i uwięziony razem z grupą członków „Ligi Obrony Wolności Religijnej”, a po interwencji rodziny generała Roberto Cruza zwolniony. W listopadzie, zgodnie ze złożoną prośbą, skierowany został do pełnienia posługi w charakterze proboszcza do parafii w miejscowości Atenango del Río. Tamtejsze władze lokalne zapowiedziały wcześniej śmierć każdemu duchownemu na terenie miasta i wkrótce po przybyciu Margarito Flores García został aresztowany, a następnie zawleczony na powrozie przed oblicze generała w Tulimán. Rozstrzelany został 12 listopada, a komisarz policji Crus Pineda, który starał się pomóc księdzu wkrótce również podzielił jego los.
Po zakończeniu procesu informacyjnego na etapie lokalnej diecezji, który toczył się w latach 1933–1988 w odniesieniu do męczenników okresu prześladowań Kościoła katolickiego w Meksyku, został beatyfikowany 22 listopada 1992 roku w watykańskiej bazylice św. Piotra, a jego kanonizacja na placu Świętego Piotra, w grupie Krzysztofa Magallanesa Jary i 24 towarzyszy, odbyła się 21 maja 2000 roku. Wyniesienia na ołtarze Kościoła katolickiego dokonał papież Jan Paweł II.
Relikwie Margarito Flores García zostały przeniesione w 1925 r.