Dokonana krótko po konklawe promocja kardynała Giulio Feltre della Rovere do rangi kardynała prezbitera (15 lutego 1566) uczyniła Innocenzo protodiakonem Świętego Kolegium.
Na przełomie 1567/68 został oskarżony o dokonanie gwałtów na dwóch kobietach niskiego pochodzenia niedaleko Sieny. Również tym razem wstawił się za nim Kosma Medyceusz, który zapewnił papieża Piusa V o jego niewinności. Pius V początkowo zgodził się, by kardynał pozostał w Toskanii pod kuratelą księcia, jednak pod koniec 1568 wezwał go Rzymu, gdzie przydzielił mu mieszkanie na Watykanie i dwóch zakonników teatynów, którzy mieli pracować nad jego poprawą. Przy okazji, 3 grudnia 1568 po raz ostatni dokonał zamiany swej tytularnej diakonii (na S. Maria in Via Lata). W maju 1569 został uwięziony w Zamku św. Anioła i powołana została komisja kardynalskaW skład komisji weszli kardynałowie Giovanni Morone, Otto Truchsess von Waldburg, Philibert Babou de la Bourdaisière, Francisco Pacheco de Toledo, Francesco Alciati i Gianpaolo Della Chiesa. mająca zbadać zarzuty wobec niego. Kardynał bez większych oporów złożył zeznania dotyczące swego życia, przyznając się do licznych romansów z kobietami i korzystania z usług prostytutek, jak również do zabójstwa popełnionego w 1559.