Sezon 2012/13 3. Ligi - 5. edycja rozgrywek niemieckiej 3. Ligi w piłce nożnej.
Rozgrywki toczyły się w jednej grupie i występowało w nich 20 drużyn. Po zakończeniu sezonu mistrz oraz wicemistrz awansowali bezpośrednio do 2. Bundesligi, a 3. drużyna grała w barażu o awans z 16. drużyną 2. Bundesligi. Trzy ostatnie drużyny spadły do Regionalligi.
3. Fußball-Liga Drużyny W 3. Lidze w sezonie 2012/13 występowało 20 drużyn. Drużyna Miasto Sezon 2011/12 Uwagi Drużyny, które spadły z 2. Bundesligi 2011/12: Karlsruher SC Karlsruhe 16. miejsce przegrał baraże z SSV Jahn Regensburg Alemannia Aachen Akwizgran 17. miejsce Hansa Rostock Rostock 18. miejsce Drużyny, które występowały w 3. Lidze 2011/12: 1. FC Heidenheim Heidenheim an der Brenz 4. miejsce Rot-Weiss Erfurt Erfurt 5. miejsce SV Wacker Burghausen Burghausen 6. miejsce VfL Osnabrück Osnabrück 7. miejsce Kickers Offenbach Offenbach am Main 8. miejsce Chemnitzer FC Chemnitz 9. miejsce 1. FC Saarbrücken Saarbrücken 10. miejsce VfB Stuttgart II Stuttgart 11. miejsce Preußen Münster Münster 12. miejsce Arminia Bielefeld Bielefeld 13. miejsce SV Darmstadt 98 Darmstadt 14. miejsce SpVgg Unterhaching Unterhaching 15. miejsce SV Wehen Wiesbaden Wiesbaden 16. miejsce SV Babelsberg 03 Poczdam 17.