Bohaterowie Rufus – mieszkaniec miasta Kuvaq w świecie Deponia. Jest egoistycznym, narcystycznym fajtłapą, którego jedynym calem w życiu jest dotarcie do Elizjum – podniebnego miasta, w którym ma nadzieję żyć beztrosko do końca swych dni. Nie liczy się z nikim i niczym, wykorzystując innych mieszkańców Kuvaq. Jego charakter zaczyna zmieniać się pod wpływem poznania Goal – mężczyzna postrzega siebie jako rycerza dziewczyny, dzięki czemu na światło dzienne wychodzą jego pozytywne cechy charakteru. Goal – piękna mieszkanka podniebnego statku Elizjum. Jest nieprzytomna przez większą część gry, jednak gdy jest świadoma, zachowuje się jak dobra i uczciwa osoba. Jej narzeczonym jest Kletus, jednak pod wpływem wydarzeń w grze, zaczyna wątpić w moralność swojego wybranka. Kletus – bliźniaczo podobny do Rufusa mieszkaniec Elizjum. Jest tak samo wątpliwy moralnie jak Rufus, jednak w odróżnieniu do głównego bohatera nie ulega przemianie i pozostaje wierny swoim egoistycznym planom. Argus – dowódca grupy Organon, tyranizującej Deponię. Doktorek – nieco ekscentryczny mechanik, który sympatyzuje z Rufusem. Bozo – kapitan statku