Od października 1939 roku działał w Służbie Zwycięstwu Polski w Warszawie. W lutym 1940 roku został komendantem Okręgu Białystok, jednak choroba uniemożliwiła mu objęcie tego stanowiska. W związku z zagrożeniem aresztowaniem został urlopowany i opuścił Warszawę w końcu 1940 roku, podejmując pracę jako leśniczy i kierownik tartaku w powiecie garwolińskim. W 1942 roku ponownie pełnił funkcję inspektora w Komendzie Głównej AK.
31 stycznia 1944 roku został skierowany na stanowisko zastępcy komendanta Okręgu Lwów. 16 lutego 1944 roku objął komendę Okręgu oraz funkcję zastępcy komendanta Obszaru Lwowskiego AK, a od 30 czerwca 1944 roku dowodził powstałym wtedy Podokręgiem AK Lwów. 15 lipca 1944 roku wydał zarządzenia wykonawcze do Akcji „Burza” we Lwowie i w jej trakcie dowodził odtwarzaną tam 5 Dywizją Piechoty AK oraz pełnił funkcję komendanta miasta. mały|Generał Kazimierz Schally (z lewej) i podpułkownik Stefan Czerwiński na audiencji u prezydenta RP Ignacego Mościckiego w 1936. Po zajęciu Lwowa przez Armię Czerwoną został członkiem delegacji Komendy Obszaru, która 31 lipca 1944 roku udała się na rozmowy z gen. Michałem Rolą-Żymierskim w Żytomierzu. Cała delegacja została aresztowana, a Czerwiński osadzony w więzieniu w Kijowie, następnie pod Rawą Ruską i w Trzebusce.