(1685–1688) Piotr Żywiecki (1688–1692) Stanisław Karnicki (1692–1695) Baltazar Kaczyński (1695–1698) Jan Kraszewski (1698–1703) Marcin Grymosz (1703–1706) Jan Kuszewicz (1706–1709) Jerzy Gengell (1709–1711) Andrzej Ozga (1711–1714) Szymon Karpiński (1714–1717) Adrian Miaskowski (1717–1721) Marcin Dziewanowski (1721–1724) Ludwik Pierzchliński (1724–1727) Marcin Trąpczyński (1727–1731 Jan Juśkiewicz (1731–1735) Marcin Dziewanowski (1735–1738) Mikołaj Maromowski (1738) Franciszek Błociszewski (1739–1742) Marcin Luder (1742–1746) Michał Dąbrowski (1746–1749) Tomasz Lichtański (1749–1752) Franciszek Ułaski (1752–1756) Feliks Rzuchowski (1756–1760) Wojciech Bystrzowski (1760–1764) Dominik Weresziak (1764–1767) Andrzej Dąbrowski (1767–1768) Antoni Manastewski (1768–1772) Adam Stadnicki (1772–1773)
Prefekci szkoły (prorektorzy) Benedykt Herbert (1573–1590) Kasper Sawicki (1590–1602) Marcin Ostrowski (1602–1662) Jan Kwiatkowski (1662–1675) Teofil Rutka (1675–1676) Błażej Wszeradzki (1676–1710) Kasper Niesiecki (1710–1712) Wojciech Rozbowski (1712–1715) Faustyn Grodzicki (1715–1720) Jan Piotr Łoyko (1720–1741) Józef Stanisław Jagniątkowski (1741–1754) Franciszek Leśniewski (1754–1764) Wojciech Bystrzowski (1764–1773)