mRNA dla CD3η wykrywany jest także w dojrzałych limfocytach T, jednak jego zawartość jest znacznie mniejsza (10 razy i więcej) niż mRNA dla CD3ζ, stąd też uważa się, iż CD3η pełni swe funkcje głównie w trakcie rozwoju limfocytów T.
W trakcie rozwoju limfocytów T w grasicy ekspresję białek CD3 stwierdzić można na etapie protymocytu, jednak tylko w cytoplazmie komórki. Podobna sytuacja występuje na etapie pretymocytu, jednak z chwilą zapoczątkowania ekspresji łańcuchów TCRα i TCRβ cząsteczki CD3 pojawiają się również w błonie komórkowej. Błonowa (powierzchniowa) ekspresja CD3 jest charakterystyczna dla każdego dalszego stadium rozwojowego limfocytów T i utrzymuje się do końca życia komórki.
Poza limfocytami T słabą ekspresję CD3, zlokalizowaną jedynie w cytoplazmie, stwierdzono w komórkach Purkiniego.
Struktura Łańcuchy peptydowe CD3γ, CD3δ i CD3ε należą do tej samej nadrodziny immunoglobulin i wykazują silne podobieństwo w sekwencji aminokwasowej i strukturze. Wszystkie one posiadają zewnątrzkomórkową domenę immunoglobulinopodobną, następnie helikalny fragment przechodzący przez błonę komórkową oraz ogon cytoplazmatyczny, zawierający aktywujące sekwencje ITAM. Każdy z łańcuchów γ,δ i ε zawiera dwa motywy ITAM.