Pomimo że prezydent Jelcyn wyrażał zrozumienie dla polskich aspiracji, starał się on torpedować szanse na członkostwo Polski w NATO.
Lata 1994–1999 W tym okresie relacje dwustronne skupiały się głównie na wymianie handlowej i surowcach energetycznych. Od 1994 roku obroty handlowe pomiędzy państwami rosły. Uzgodnione zostało porozumienie o uregulowaniu wzajemnego zadłużenia. Wówczas weszła w życie również umowa o współpracy gospodarczej. 25 września 1995 roku podpisano długoterminową umowę o dostawach gazu ziemnego Polsce, a w listopadzie miało miejsce oficjalne rozpoczęcie budowy pierwszego odcinka gazociągu jamalskiego na terenie Polski.
Napięcia w stosunkach polsko-rosyjskich w tym czasie dotyczyły kwestii członkostwa Polski w NATO. Negatywnie w Rosji odebrano fakt potępienia przez Polskę interwencji Federacji Rosyjskiej w Czeczenii mającą na celu pozbawić ten kraj niepodległości.