W jesiennych rozgrywkach Apertura 2012 napastnik Nezy – Rodrigo Prieto – z jedenastoma bramkami na koncie został królem strzelców Ascenso MX. Wtedy także klub doszedł do półfinału krajowego pucharu – Copa MX. Szybko zaskarbił sobie również oddanie miejscowych fanów; podczas najważniejszych spotkaniach ligowych na Estadio Neza 86 notowano frekwencję dochodzącą nawet do 15 000 kibiców.
Najbardziej udanym sezonem w historii klubu były wiosenne rozgrywki Clausura 2013 – zawodnicy prowadzeni przez Roberto Hernándeza zajęli szóste miejsce w lidze, lecz w play-offach zdołali dotrzeć aż do dwumeczu finałowego, w którym pokonali Necaxę łącznym wynikiem 4:0 (3:0 u siebie, 1:0 na wyjeździe), zostając mistrzem drugiej ligi meksykańskiej. Aby wywalczyć awans do najwyższej klasy rozgrywkowej należało odnieść zwycięstwo w decydującym dwumeczu ze zwycięzcą sezonu Apertura 2012 – La Piedad. Na wyjeździe faworyzowana drużyna Nezy, mająca wówczas na koncie dziewięć zwycięstw z rzędu, wygrała 1:0 po bramce Evera Guzmána, jednak u siebie niespodziewanie poniosła porażkę 0:1.