Do najstarszych hydronimów w Polsce należą największe rzeki: Wisła, Odra, Bug, Warta, Nysa. Pochodzenie ich nazw, jak i motywacji, nie jest jasne, ponieważ dotyczy czasów przedsłowiańskich (rodzina indoeuropejska). Młodsze nazwy odnoszą się do leksyki słowiańskiej (zasób słów – m.in. – woda, strumień, jezioro; a także: Warta, Soła). Najmłodsze hydronimy powstały w oparciu o zasób leksykalny języka polskiego (np. Rudawa, Kamienna), często nazwa danej formy wodnej odnosi się do nazwy pobliskiej miejscowości, np. Wrześnianka od Września. Ponadto wyróżnia się nazwy obce nabyte (przeważnie z języka niemieckiego, czeskiego i słowackiego, a także grupy bałtyckiej) w procesie kontaktów językowych w czasach dawnych.
Obecnie niejasne są znaczenie hydronimów powstałych z wyrazów pospolitych, które zanikły w wyniku rozwoju języka polskiego lub były używane na ograniczonym terenie (regionalizmy), np. barycz – moczar, biel – bagno, bielawa – podmokła łąka.