W tej sytuacji admirał Alexander Marcus przywraca go na dowódcę statku „Enterprise” i wysłany z misją zlikwidowania Harrisona. Jednak, Spock, dr Leonard McCoy i Uhura przekonują Kirka do schwytania zamachowca.
Po wylądowaniu na Kronosie wyruszają na poszukiwania, ale zostają zatrzymani przez Klingonów. Z opresji ratuje ich Harrison, który następnie oddaje się w ich ręce. Ujawnia też, że tak naprawdę nazywa się Khan i jest genetycznie zmodyfikowanym nadczłowiekiem, którego po trzystuletniej przerwie wybudził admirał Marcus, by wykorzystać go w przyszłej wojnie pomiędzy Federacją a Klingonami. Okazuje się też, że w prototypowych torpedach fotonowych, w które admirał wyposażył „Enterprise”, znajdują się kriogeniczne kapsuły z członkami załogi Khana, którzy byli jego zakładnikami.
Wkrótce pojawia się okręt wojenny Federacji, USS „Vengeance”, dowodzony przez admirała Marcusa, który żąda od Kirka wydania Khana. Gdy kapitan odmawia i usiłuje wrócić na Ziemię, „Enterprise” zostaje zaatakowany. Ponieważ doznaje ciężkich uszkodzeń, kapitan Kirk proponuje wydanie Khana, w zamian za oszczędzenie swojej załogi, ale admirał odmawia i ujawnia, że zniszczenie „Enterprise” i pozbycie się Khana w celu rozpoczęcia wojny z Klingonami od początku było jego zamiarem.