Użytki ekologiczne W gminie występuje użytek ekologiczny o nazwie „Skarpy” w leśnictwie Frombork w oddziale leśnym 243f o powierzchni 340 ha.
Obszary Chronionego Krajobrazu Na terenie gminy częściowo znajdują się: Obszar Chronionego Krajobrazu Wysoczyzny Elbląskiej – Wschód zachodnia część gminy Obszar Chronionego Krajobrazu Rzeki Baudy centralna część gminy.
Pomniki przyrody Na terenie gminy znajdują się następujące pomniki przyrody: Nr Lokalizacja Forma Nazwa Obwodyprzy powołaniu [cm] Nr ew. Akt prawny 1. Frombork w okolicy Muzeum Mikołaja Kopernika pojedyncze drzewo dąb szypułkowy 706 240/57 Decyzja Nr Lb 240 Prez. WRN w Olsztynie z 6.08.1957 r. 2. Frombork przy skrzyżowaniu ul. Krasickiegoi Katedralnej pojedyncze drzewo jesion wyniosły 445 241/57 Decyzja Nr Lb 241 Prez. WRN w Olsztynie z 6.08.1957 r. 3. Frombork 100 m od skrzyżowania ul. Krasickiegoi Katedralnej pojedyncze drzewo jesion wyniosły 356 242/57 Decyzja Nr Lb 242 Prez. WRN w Olsztynie z 6.08.1957 r. 4. Frombork przy skrzyżowaniu ul. Krasickiegoi Katedralnej koło kapliczki pojedyncze drzewo dąb szypułkowy 437 48/92 Rozporządzenie Nr 10/92 Woj. Elbląskiego z 21.12.1992 r. 5. Frombork park przy cmentarzu na ul. Sanatoryjnej pojedyncze drzewo buk zwyczajny 318 49/92 Rozporządzenie Nr 10/92 Woj. Elbląskiego z 21.12.1992 r. 6.