Schemat losowania rund od 1/16 finału: przed 1/16 finału przeprowadzono losowanie wszystkich rund od 1/16 finału do finału w ramach drabinki; 4 najlepsze drużyny Ekstraklasy 2012/2013 (Legia Warszawa, Lech Poznań, Śląsk Wrocław i Piast Gliwice) rozstawiono i przyporządkowano w wyniku losowania do numerów 1, 16, 17 i 32 – żadne z tych drużyn nie mogły spotkać się ze sobą aż do półfinału; w dalszej kolejności do kolejnych 28 nazw klubów dolosowano pozostałych 28 numerów odpowiadających pozycjom w drabince. 1/16 finału: w 16 parach rywalizowali ze sobą zwycięzcy 1/32 finału i 16 drużyn Ekstraklasy 2012/2013; gospodarzami jedynego meczu były drużyny grające w niższej klasie rozgrywkowej w dniu losowania (w przypadku, gdy w jednej parze rywalizowały drużyny z jednego szczebla ligowego, gospodarzami pierwszego meczu były drużyny, które wylosowały niższy numer w drabince); 1/8 finału: w 8 parach rywalizowali ze sobą zwycięzcy 1/16 finału; gospodarzami jedynego meczu były drużyny grające w niższej klasie rozgrywkowej w dniu losowania (w przypadku, gdy w jednej parze rywalizowały drużyny z jednego szczebla ligowego, gospodarzami pierwszego meczu były drużyny, które wylosowały niższy numer w drabince); Ćwierćfinał: w 4 parach rywalizowali ze sobą zwycięzcy 1/8 finału;