Instytut Europeistyki prowadzi badania naukowe w obszarze studiów europejskich. Badania te koncentrują się głównie na metodologicznych problemach badań europejskich, prawno-instytucjonalnym wymiarze Unii Europejskiej, funkcjonowaniu polityk unijnych oraz kulturowo-historycznych i społeczno-politycznych aspektach integracji europejskiej. Obecnie w Instytucie realizowanych jest kilka projektów badawczych finansowanych ze środków zewnętrznych. W latach 2009–2016 pracownicy Instytutu opublikowali ponad 80 monografii naukowych, blisko 240 rozdziałów w monografiach polskich i zagranicznych oraz ponad 90 artykułów w czasopismach naukowych, recenzji i haseł w słownikach. Instytut wydaje także kwartalnik naukowy „Przegląd Europejski”.
Poza działalnością naukowo-badawczą oraz prowadzeniem studiów Instytut realizuje szereg inicjatyw dydaktycznych skierowanych do studentów innych jednostek i uczelni, w tym zagranicznych, a także uczniów szkół średnich, takich jak wykłady tematyczne, kursy i konkursy dla licealistów, gościnne wykłady w szkołach ponadgimnazjalnych, szkoły letnie.