Lamberta w Münster, aby swoim autorytetem zahamować spadek poparcia dla katolickiej Niemieckiej Partii Centrum i wzrost nastrojów nacjonalistycznych.
5 sierpnia 1933 roku Clemens August von Galen został mianowany przez papieża Piusa XI ordynariuszem diecezji Münster zmieniając na tym stanowisku bp. Johannesa Poggenburga. Ingres nowego biskupa odbył się 28 października. Jego zawołanie biskupie brzmiało: Nie dla pochwał, ani ze strachu. (łac. Nec laudibus, nec timore, niem. Nicht für Lob, nicht aus Furcht). Przed objęciem nowego stanowiska zwrócił się do Hermanna Göringa, ministra prezydenta Prus, bowiem to jemu na mocy postanowień konkordatu składał przysięgę wierności państwu. Ordynariuszem Münsteru pozostał do swojej śmierci w 1946 r.
Von Galen przygotował obszerne fragmenty opublikowanej w 1937 encykliki Piusa XI Mit brennender Sorge (Z palącą troską). W lutym 1938 był współkonsekratorem bp. Franza Justusa Rarkowskiego, katolickiego biskupa polowego sił zbrojnych III Rzeszy.
O wysokim i barczystym von Galenie Pius XI mówił w 1938: „Olbrzymi, nie tylko z powodu wzrostu”.