Mechanizm Fagocytoza mikroorganizmu przez makrofagi czy neutrofile zwykle kończy się jego śmiercią wewnątrz fagocytu. Te wyspecjalizowane komórki układu odpornościowego posiadają receptory fMet-Leu-Phe (fMLP) należące do rodziny receptorów związanych z białkami G. Pozwalają one komórkom układu odpornościowego na wykrywanie bakterii w otoczeniu przez rozpoznawanie charakterystycznego motywu w bakteryjnych polipeptydach. Wynika to z faktu, że synteza bakteryjnych białek rozpoczyna się od N-formylometioniny, aminokwasu obecnego w komórkach prokariotycznych, którego brak w eukariontach. Bakteryjne polipeptydy łączące się z tym receptorem na powierzchni fagocytów aktywują wewnątrzkomórkową ścieżkę sygnałową, która pozwala komórce układu odpornościowego na ruch zgodny z gradientem ligandu. Ponadto sygnał od receptora fMLP indukuje produkcję antybakteryjnych reaktywnych form tlenu w fagolizosomach. Fagocyty posiadają także receptor C5a, który rozpoznaje mały fragment C5 generowany podczas aktywacji układu dopełniacza. Stymulacja komórki układu odpornościowego fragmentem C5a wyzwala podobną reakcję jak aktywacja receptora fMLP. Ponadtlenki są generowane przez wieloskładnikowy błonowy enzym – oksydazę NADPH, czasem nazywaną oksydazą fagocytów.