Gra używa też Street Passa, do wymiany Mystery Boxów oraz do zdobycia dodatkowego domku Toada.
Fabuła Podczas silnej burzy, "ogoniaste" drzewo o nazwie "Tail Tree", które stoi na placu przy zamku księżniczki Peach, zostaje pozbawione swoich liści. Liście te, które okazują się być Super Leafami, tak naprawdę zostały skradzione przez Bowsera, który użył ich do uzbrojenia swojej armii w ogony Tanooki. Początkowo nieświadomi sytuacji Mario i Toady sprawdzili rano stan drzewa, kiedy na miejscu odkryli zdjęcie, które zostawił Bowser. Okazało się, że (jak zwykle) uprowadził księżniczkę. Mario ruszył na ratunek Peach. Po pokonaniu szeregu wrogów (w tym Boom-Booma (pochodzącego z Super Mario Bros. 3) Pom-Pom oraz Bowsera), Mario w końcu ratuje królewnę i wraz z Toadami wracają do zamku, gdzie, dzięki czynom Mario, Tail Tree znów obrodziło w liście. Gdy hydraulik siedział na jednej z gałęzi razem z Peach, nowe zdjęcie spadło na ziemię, ukazujące Luigiego za kratami więzienia i wołającego o pomoc. Mario więc ponownie wyruszył w podróż na ratunek, tym razem, swojemu bratu. Po uratowaniu Luigiego i pokonaniu głównego antagonisty, okazuje się, że ten, ponownie, porwał królewnę.