W latach 1919−1930 pełnił funkcję gwardiana w kościele św. Bernardyna w Krakowie, gdzie dokonał remontu świątyni. Następnie przeniósł się do Łodzi, gdzie był fundatorem klasztoru bernardynów w Kościele i klasztorze pw. św. Elżbiety Węgierskiej. W tym celu w 1930 nabył w dzielnicy Doły kilka działek od Niemców i Żydów, z pomocą licznych sponsorów (szczególnie kanadyjskiej Polonii) wybudował dom zakonny, po czym w latach 1932−1937 na scalonym terenie trzypiętrowy gmach na klasztor i gimnazjum oraz prowizoryczny, jednonawowy, kościół pw. św. Elżbiety. Po kanonicznej erekcji domu w 1932 o. Anastazy Pankiewicz został pierwszym przełożonym. W obiekcie w 1937 otwarto prywatne Ogólnokształcące Gimnazjum Męskie, do którego o. Pankiewicz zaangażował, oprócz zakonnego katechety, wyłącznie nauczycieli świeckich. W 1937 powołał do życia Zgromadzenie Sióstr Antonianek od Chrystusa KrólaStrona zgromadzenia. W 1939 podniesiono łódzką rezydencję do rzędu konwentu. W 1939 r. Niemcy zajęli bernardyńskie gmachy, a zakonników wysiedlili. W przerobionym kościele umieścili stajnie i garaże. Pankiewicz ukrywał się na cmentarzu św. Wincentego (część cmentarza Doły) w pobliżu klasztoru. W dniu 6 października 1941 podczas masowych aresztowań księży na terenie Łodzi i okolic, został aresztowany i wywieziony do obozu przejściowego w Konstantynowie Łódzkim.