W czerwcu 2010 roku firma Apple wydała aktualizację oprogramowania iOS 4.0. W przeciwieństwie do swoich następców, iPhone 3G nie obsługuje ważnych funkcji iOS 4.0, takich jak wielozadaniowość, możliwość ustawienia tapety ekranu głównegoPatrz zdjęcie po lewej czy obsługa klawiatury Bluetooth. Zapewnia także dostęp do ujednoliconej funkcji skrzynki pocztowej, folderów na ekranie głównym, aby lepiej organizować aplikacje, tworzyć listy odtwarzania i inne funkcje. Ta aktualizacja była szeroko krytykowana za niską wydajność na iPhone 3G, chociaż wydanie iOS 4.1 z września 2010 rozwiązało ten problem. Jednak w przeciwieństwie do bardziej nowoczesnych urządzeń z systemem iOS, ta aktualizacja ponownie nie zapewnia właścicielom iPhone'a 3G dostępu do ważnych funkcji, w tym przypadku do aplikacji Game Center.
22 listopada 2010 r. iPhone 3G otrzymał aktualizację oprogramowania iOS 4.2 (jako iOS 4.2.1), która wprowadziła funkcje, takie jak głosowanie na YouTube i poprawki bezpieczeństwa. Jednak iPhone 3G nie może korzystać z wielu funkcji zawartych w tej aktualizacji, takich jak AirPlay i Safari Text Search.