Budownictwo cerkiewne typowe dla indywidualnego stylu Thona straciło dominującą pozycję w architekturze Rosji niemal natychmiast po śmierci protektora architekta, cara Mikołaja I, chociaż projekty z jego wzornika z 1838 były nadal wykorzystywane, niekiedy w wersjach zmodyfikowanych.
Ważniejsze prace sobór Chrystusa Zbawiciela w Moskwie oraz dekoracja jego wnętrza cerkiew św. Katarzyny w Petersburgu sobór Świętych Piotra i Pawła w Carskim Siole sobór św. Katarzyny w Carskim Siole sobór Wprowadzenia Matki Bożej do Świątyni w Petersburgu, niezachowany sobór Narodzenia Matki Bożej w Rostowie nad Donem sobór Narodzenia Matki Bożej w Krasnojarsku pomnik Dymitra Dońskiego na Kulikowym Polu – wspólny projekt z innymi profesorami Akademii Pałac Kremlowski oraz dekoracja jego wnętrza dzwonnica Monasteru Simonowskiego w Moskwie kościół ewangelicki w Nowogrodzie Wielkim sobór Zesłania Ducha Świętego w Saratowie sobór Wniebowstąpienia Pańskiego w Jelcu sobór w twierdzy Sveaborg i koszary na jej terenie Instytut Leśny w Petersburgu ikonostas dla cerkwi Przemienienia Pańskiego w Petersburgu oraz wojskowej cerkwi Zwiastowania w Petersburgu Mały Teatr w Moskwie dom inwalidów wojennych w dawnej rezydencji carskiej w Moskwie-Izmajłowie z cerkwią św. Joazafa Dworzec Nikołajewski w Moskwie (ob.