Razem ze swoim oddziałem dotarł do Nowego Sącza, potem do Brzeżan.
Wkrótce dostał się do niewoli radzieckiej i został uwięziony w obozie w Kozielsku. Stamtąd wysłał jedyny list do rodziny w Krakowie. Wiosną 1940 roku został zamordowany przez NKWD w Katyniu.
Jego żoną była Maria z domu Gorzoń.
5 października 2007 Minister Obrony Narodowej mianował go pośmiertnie do stopnia porucznikaDecyzja Nr 439/MON Ministra Obrony Narodowej z dnia 5 października 2007 r. w sprawie mianowania oficerów Wojska Polskiego zamordowanych w Katyniu, Charkowie i Twerze na kolejne stopnie oficerskie. Decyzja nie została ogłoszona w Dzienniku Urzędowym MON.. Awans został ogłoszony w dniu 9 listopada 2007, w Warszawie, w trakcie uroczystości „Katyń Pamiętamy – Uczcijmy Pamięć Bohaterów”.
Pamięci Jana Józefa Fitzke poświęcone są tablice pamiątkowe na gmachu Uniwersytetu Jagiellońskiego i dawnym gmachu muzealnym w Łucku. thumb|Tablica upamiętniająca Jana Fitzke w Łucku 18 maja 2009 na dawnym budynku Muzeum Wołyńskiego odsłonięto tablicę pamiątkową w językach polskim i ukraińskim: W tym domu W latach 1936–1939 pracował Jan Józef Fitzke (ur. 12.01.1909 w Gdowie, w Polsce, zginął w 1940 r. w Katyniu w Rosji) Dyrektor Muzeum Wołyńskiego, polski archeolog badacz Wołynia