W 1760 pałac kupił cesarz Franciszek I Lotaryński, mąż Marii Teresy i od tego czasu rozpoczęły się jego związki z dynastią Habsburgów – w 1797 rezydencja stała się częścią prywatnego majątku rodziny panującej. Mimo to, po śmierci pary monarszej pałac popadł w ruinę. Uratował go dopiero arcyksiążę Franciszek Ferdynand, zapalony myśliwy, który szukał nowego miejsca do polowań. W latach 1896–1897 budynki pałacowe odbudowano i odnowiono, na nowo założono też przypałacowy park.
Na arenę dziejów pałac powrócił ponownie jesienią 1918 roku. W dniu zrzeczenia się udziału w rządach (11 listopada) cesarz Karol wraz z małżonką, cesarzową Zytą, opuścił w konwoju siedmiu samochodów dotychczasową rezydencję – pałac Schönbrunn – oraz niespokojną stolicę i w nocy pojawił się w Eckarstau, gdzie dołączyły do nich dzieci. Powodem było przejęcie przez nowe republikańskie władze Schönbrunnu i innych oficjalnych rezydencji, tymczasem pałac myśliwski należał do prywatnego majątku Habsburgów i, na razie, pozostawał ich własnością.