Już pod koniec 1930 roku bardziej radykalni duchowni widzieli w ustaszach chorwacki ruch niepodległościowy, a Kościół przejawiać zaczął coraz bardziej pozytywny stosunek do kwestii niepodległościBiondich (2007), s. 390..
Lokalny Kościół utrzymywał umiarkowany tradycyjny antysemityzm sprzyjający dyskryminacji Żydów i ich konwersji na katolicyzm. Nawet w okresie Jugosławii minister edukacji i katolicki ksiądz słoweński Antoni Korošec zatwierdzili i wprowadzili prawo numerus clausus. Pomimo rosnącej wrogości duchowieństwa wobec Żydów, których duchowni oskarżali o bolszewizm lub wspieranie rządu w Belgradzie, w ciągu dwudziestolecia wojennego nie podejmowano agresywnych działań antysemickich.
Utworzenie Niezależnego Państwa Chorwackiego thumb|Lider ustaszy Ante Pavelić i Joachim von Ribbentrop Zarówno Watykan, jak i chorwacki Kościół katolicki, entuzjastycznie przyjęły upadek państwa jugosłowiańskiego po jego klęsce w kampanii w kwietniu 1941 rokuShelah (1989), s. 326., także utworzenie Niezależnego Państwa Chorwackiego w 1941 roku zostało początkowo pozytywnie przyjęte przez hierarchię Kościoła i wielu księży katolickich.