W sezonie 2012/13 wywalczył z tym klubem historyczny awans do Serie B oraz zdobył Coppa Italia Lega Pro. Po zmianie sztabu szkoleniowego przed sezonem 2013/14 zdecydowano się rozwiązać jego umowę. W sierpniu 2013 roku Agius przeniósł się do SEF Torres 1903 (Lega Pro Seconda Divisione) i rozegrał dla tego zespołu 16 ligowych spotkań w których zdobył 1 bramkę. W przerwie zimowej sezonu 2013/14 został wypożyczony na jedną rundę do występującej na tym samym poziomie rozgrywkowym FC Aprilia, gdzie rozegrał 14 spotkań.
Po nieudanych próbach znalezienia klubu we Włoszech we wrześniu 2014 roku został piłkarzem Hibernians FC. Wywalczył mistrzostwo Malty 2014/15 i Superpuchar Malty 2015 po zwycięstwie 2:1 nad Birkirkara FC. Umieszczono go w najlepszej 11 sezonu 2014/15 oraz otrzymał tytuł najlepszego obrońcy rozgrywek. W czerwcu 2015 roku osiągnął wstępne porozumienie z rumuńskim CSMS Jassy i pojawił się na zgrupowaniu klubu w Turcji. Ostatecznie rozmowy zerwano z powodu rozbieżności finansowych obu stron. W sezonie 2016/17 po raz drugi wywalczył z Hibernians FC tytuł mistrzowski.