Od 1840 był rektorem seminarium duchownego w Połocku i przewodniczącym konsystorza eparchii połockiej. 10 sierpnia tego samego roku złożył wieczyste śluby mnisze, przyjmując imię zakonne Filaret, zaś następnego dnia otrzymał godność archimandryty.
W 1843 został dziekanem monasterów eparchii połockiej, w tym samym roku został odznaczony orderem św. Anny II stopnia, zaś w 1847 – orderem św. Włodzimierza III stopnia. Dwa lata później został rektorem seminarium duchownego w Wilnie, które to stanowisko zwyczajowo łączył z obowiązkami przełożonego monasteru Trójcy Świętej w Wilnie. Był także dziekanem monasterów w eparchii wileńskiej i litewskiej.
30 kwietnia 1851 został nominowany na biskupa kowieńskiego, wikariusza eparchii wileńskiej i litewskiej; chirotonię biskupią przyjął 28 maja tego samego roku w soborze św. Mikołaja w Wilnie. W 1854 otrzymał order św. Anny I stopnia. Wielokrotnie, na polecenie metropolity wileńskiego Józefa, dokonywał kontroli w parafiach, monasterach i szkołach cerkiewnych na Litwie. W latach 1860–1869 był ordynariuszem eparchii ufijskiej, zaś od 1869 do 1873 był biskupem niżnonowogrodzkim;