Po wyjściu Langiewicza (19 III 1863) z królestwa do Galicji, przeszedł do oddziału Dionizego Czachowskiego. Zajmował się organizowaniem w sandomierskiem tajnych lazaretów. W sposób jawny razem z lekarzami Nieszkowskim i Szpotem leczył rannych powstańców w szpitalu św.Ducha w Sandomierzu. Na mocy cichego i nieoficjalnego porozumienia o wzajemnej pomocy rannym niósł także pomoc poturbowanym żołnierzom rosyjskim. Wyleczył m.in. wysokiego rangą oficera rosyjskiego, dzięki temu po upadku powstania nie był ścigany przez władze carskie.
Po powstaniu na krótki czas zamieszkał w Iłży, gdzie prowadził praktykę lekarską. Potem został lekarzem naczelnym w powiatowym szpitalu św.Leona w Opatowie. Placówkę tę doprowadził w krótkim czasie do wzorowego stanu. Bukowiecki zawarł związek małżeński z Zofią Konarską. Ich synem był Stanisław Bukowiecki – znany w okresie międzywojennym adwokat, ekonomista, polityk, minister sprawiedliwości w latach 1917–1918 i prezes Prokuratorii Generalnej RP w latach 1919–1939.
Ludwik Bukowiecki zmarł na tyfus plamisty 15 grudnia 1869, został