Już po półtora miesiąca służby na tym stanowisku został awansowany na zastępcę szefa Sztabu Generalnego, otrzymał też awans od razu o dwa stopnie, na dwugwiazdkowego generała. W latach 1941 służył krótko na Bliskim Wschodzie, po czym otrzymał zadanie organizacji pierwszych w dziejach australijskiego wojska jednostek pancernych. Otrzymał także trzecią gwiazdkę generalską. W listopadzie 1942 został szefem Sztabu Generalnego. Po zakończeniu wojny, w grudniu 1945 został dowódcą sił okupacyjnych Wspólnoty Narodów w Japonii.
Gubernator W kwietniu 1946 Northcott otrzymał w dużej mierze reprezentacyjny urząd gubernatora Nowej Południowej Walii, jako pierwszy w dziejach rodowity Australijczyk. W czerwcu 1946 opuścił Japonię i zakończył czynną służbę wojskową, a 1 sierpnia 1946 oficjalnie objął nowe stanowisko w Sydney. Zajmował urząd gubernatora przez prawie 11 lat, aż do lipca 1957, kiedy to przeszedł na emeryturę. Przeżył na niej jeszcze dziewięć lat, zmarł w sierpniu 1966 w swoim domu na przedmieściach Sydney. Miał 76 lat.