Na oddalających się fragmentach wcześniejszych kontynentów zachodziły zmiany początkowego składu gatunkowego zespołów roślin i zwierząt – część z nich wymierała (np. wskutek niekorzystnej zmiany cech siedliska lub wzrostu śmiertelności z powodu zwiększonych antagonistycznych oddziaływań innych gatunków), a inne podlegały zmianom ewolucyjnym (np. dostosowania do nowych warunków, radiacja adaptacyjna). Zapis tych zmian jest częściowo zachowany w postaci skamieniałości (zob. paleontologia). Równocześnie ze zmianami genotypów zachodziły procesy o charakterze ekologicznym – zajmowanie nowych nisz ekologicznych i tworzenie nowych międzygatunkowych zależności (np. sieci troficznych, piramid ekologicznych i pozatroficznych zależności międzygatunkowych). Analogiczne przekształcenia struktur ekosystemów następowały po ponownym połączeniu się mniejszych kontynentów w większy i po kolejnych zmianach klimatu.