Werner Schernthaner (ur. w 1977wyniki-skoki.pl ) – austriacki skoczek narciarski, srebrny medalista mistrzostw świata juniorów w drużynie w 1995.
4 stycznia 1995 wystąpił w konkursie Turnieju Czterech Skoczni w Innsbrucku, gdzie zajął 43. miejsce. 2 marca 1995 w Gällivare zdobył srebrny medal mistrzostw świata juniorów w drużynie, w której wystąpił wraz z Martinem Zimmermannem, Karlem-Heinzem Dornerem i Reinhardem Schwarzenbergerem. Austriacy przegrali wówczas z drużyną Niemiec.
Ponadto startował w zawodach Pucharu Kontynentalnego. Najwyższe miejsce w klasyfikacji generalnej zajął w sezonie 1994/1995, kiedy był 35. z dorobkiem 235 punktów.
W 1990 w Schwarzach i dwa lata później w Wörgl zdobył srebrne medale szkolnych mistrzostw Austrii w skokach narciarskich. W 1994 w Schwarzach i w 1995 w Eisenerz został wicemistrzem Austrii juniorów.
Mistrzostwa świata juniorów Miejsce Dzień Rok Miejscowość Konkurs Wynik Strata Zwycięzca2.16px|1marca1995 GällivareSkocznia normalna drużynowo846,0 (175,5)9,0Niemcy28.4 marca1995 GällivareSkocznia normalna indywidualnie196,060,0Tommy Ingebrigtsen