Wiosną 1939 „Batory” przewiózł do szpitala położniczego w Gdyni rodzącą żonę jednego ze swoich członków załogi.
Służba w II wojnie światowej Rozporządzenia Prezydenta Rzeczypospolitej z 23 grudnia 1927 roku o granicach państwa oraz z 22 marca 1928 roku o Straży Granicznej przewidywały, że w przypadku częściowej lub całkowitej mobilizacji Straż Graniczna miała stać się częścią sił zbrojnych. Na mocy tych przepisów 24 sierpnia 1939 Flotylla SG została zmobilizowana i wcielona do Marynarki Wojennej. 1 września podporządkowana ona została dowódcy Rejonu Umocnionego Hel kmdr. Włodzimierzowi Steyerowi.
„Mazur” i „Kaszub” już 1 września, stacjonując w porcie rybackim na Helu, wzięły udział w odparciu nalotu 28 bombowców nurkujących Ju-87. Następnego dnia również brały udział w obronie przeciwlotniczej ogniem swych karabinów maszynowych. Były też wykorzystywane do zadań pomocniczych.