Pomyślny okres rozwoju klubu został przerwany po wyborach samorządowych 2002, kiedy prezydentem miasta został Konstanty Dombrowicz. Był on negatywnie nastawiony do strategii biznesowej klubu oraz jego działaczy, kojarzonych z przeciwną opcją polityczną. Ostatecznie nagonka polityczna i prasowa doprowadziła likwidacji klubu z 83-letnią tradycją, jak wskazywano „z powodu 5-milionowego zadłużenia”. Bezpośrednio o bankructwie klubu przesądziła decyzja prezydenta Konstantego Dombrowicza z 17 października 2003 o wypowiedzeniu Polonii umowy użyczenia obiektów oraz żądanie zwrotu dotacji 1 mln złhttp://phpbb3.pbnf.bydgoszcz.pl/viewtopic.php?t=400 dostęp 23-02-2017. Pasjonatom bydgoskiego sportu udało się jednak ocalić sekcje klubu. W listopadzie 2003 roku powołano Klub Piłkarski Polonia oraz Żużlowy Klub Sportowy Polonia Bydgoszcz, przekształcony później w spółkę akcyjną. Sekcja tenisa usamodzielniła się pod nazwą SKT Centrum Bydgoszcz, a sekcja judo przeszła pod kuratelę AZS UKW Bydgoszcz. Kompleks sportowy Polonii (hala sportowa, korty tenisowe, kryty basen, budynek administracyjny, bez stadionu) miasto przekazało Klubowi Uczelnianemu UKW. Wywołana przez polityków zła atmosfera wokół klubu przyczyniła się do odejścia kluczowych zawodników (m.in.