Mianowany w kwietniu 1941 kanclerzem Patriarchatu Moskiewskiego, odgrywał znaczącą rolę w kontaktach Patriarchatu Moskiewskiego z Radą ds. Rosyjskiego Kościoła Prawosławnego. Od agresji niemieckiej na ZSRR regularnie wzywał wiernych do udziału w walce w obronie kraju. Najbliższym współpracownikiem locum tenens Patriarchatu, metropolity moskiewskiego i kołomieńskiego Sergiusza (następnie patriarchy moskiewskiego), stał się w 1942, gdy został razem z nim ewakuowany do Uljanowska. Po śmierci Sergiusza odegrał znaczącą rolę w przygotowaniach do Soboru Lokalnego Rosyjskiego Kościoła Prawosławnego w 1945 i stał się najbliższym współpracownikiem nowego patriarchy Aleksego I. Nadal służył w soborze Objawienia Pańskiego. Na stanowisku kanclerza Patriarchatu Moskiewskiego pozostawał do 1960. W latach 1956–1960 był także przewodniczącym Komitet Naukowego Patriarchatu Moskiewskiego i działał na rzecz odnowienia szkół teologicznych w ZSRR.