sterownik AHDI – sterownik Atari Hard Disk Interface, obsługujący dyski twarde, sterownik XHDI – sterownik eXtended Hard Disk Interface, obsługujący dyski twarde, GDOS – zapewnia obsługę drukarek oraz renderowanie czcionek wektorowych, MetaDOS – sterowniki zapewniające obsługę CD-ROMu,
Oprogramowanie dostarczane z komputerem Do komputerów Atari wyposażonych w TOS dołączane były specjalne dyskietki. Ilość dyskietek i ich zawartość zmieniała się w zależności od wersji systemu i komputera.
Language Disk ST Basic w późniejszym czasie Omikron Basic akcesorium CONTROL.ACC (program typu panel sterowania, podobny nieco do zawartego w systemie Microsoft Windows 3.0, od wersji 2.0, XCONTROL.ACC, eXtended Control Panel – rozbudowana i modularna (umożliwiająca ładowanie modułów w formacie CPX) wersja panelu sterowania wraz z kilkunastoma podstawowymi modułami, przyjęta jako standard, powstało wiele tego typu modułów Atari Advanced Hard Disk Utilities HDX – oprogramowanie do obsługi dysku twardego (sterownik, partycjoner, itp.)
Proces rozruchu systemu Po uruchomieniu, TOS podejmuje następujące kroki:
włączenie ekranu poprzez inicjalizację układów graficznych