10 lipca 2013 wydany został nakaz aresztowania dziesięciu liderów Bractwa Muzułmańskiego (inni działacze zostali uwięzieni jeszcze w pierwszym dniu przewrotu), w tym Badiego. Prokurator generalny Hiszam Barakat oskarżył go o podżeganie do przemocy - sprowokowanie zajść w Kairze, w których zginęło 50 osób. 15 lipca jego aktywa bankowe zostały zamrożoneAsset freeze for Islamist leaders goes into action. Badi został ostatecznie aresztowany 20 sierpnia 2013 w mieszkaniu w pobliżu meczetu Rabi’a al-AdawijjaVideo: Egypt’s Brotherhood Supreme Guide Mohammad Badie detained, gdy służby bezpieczeństwa zlokalizowały, gdzie ukrywał się w ciągu poprzednich tygodni. Miał zostać przewieziony do więzienia Tura i stanąć przed sądem 25 sierpniaEgypt: Muslim Brotherhood leader Mohammed Badie reported detained, jednak jego proces i członków Bractwa Muzułmańskiego został odroczony ze względów bezpieczeństwa do 29 października 2013. 31 sierpnia Badi doznał w więzieniu ataku serca.
Skazany 28 kwietnia 2014 przez sąd w Al-Minji na karę śmierci wraz z 682 działaczami Bractwa Muzułmańskiego za akty przemocy podczas zamieszek w