Podobnie jak Liga Filipińska, Katipunan przypominał zachodnie masonerie. Jego członkowie mieli swoje tajne rytuały, używali tajnych imion, pseudonimów, zmienianych haseł, szyfrów i kodów, a podczas zgromadzeń specjalnych ubrań i kolorowych masek. Organizacja rozrastała się w szybkim tempie i do połowy lutego według różnych szacunków liczyła od 100 do 400 tysięcy członków. Od 1894 roku Katipunan posiadał swoją, drukarnię. Organizacja dzieliła się na trzy stopnie. Stowarzyszenie na najniższym szczeblu było zorganizowane w taki sposób, że każdy członek mógł rekrutować dwóch ludzi. Tak powstała „trójka” stanowiła podstawową komórkę organizacji, choć nie do końca nią była, gdyż rekruci nie mogli znać siebie nawzajem a jedynie samego rekrutującego. Ten przypominający struktury mafijne system miał uchronić Katipunan przed ewentualną działalnością donosicieli, oraz minimalizować poczynione przez nich straty. Rekrut musiał podpisać własną krwią przysięgę na wierność zasad Katipunanu.