Okres II wojny światowej Po wybuchu II wojny światowej Wegner został wysiedlony z Poznania i przeniósł się do Warszawy. Książki wydawnictwa z magazynu w Poznaniu zostały zarekwirowane i przeznaczone na przemiał, a we Lwowie zostały zniszczone. Cenne zbiory prywatne zostały spalone przez Niemców na placu Wolności w Poznaniu. Część nakładu – ok. 300 ton książek z zasobów poznańskich (zarówno ukrytych w piwnicy domu Wegnera przy ul. Słowackiego 8, jak i odzyskanych ze skonfiskowanej partii z magazynów kolejowych) – udało się jednak wywieźć do Warszawy do magazynu przy ul. Okrąg 6/8. W czasie okupacji książki te rozprowadzane były przez firmę działającą pod nazwą R. Wegner, Księgarnia Wydawnicza. W roku 1940 Wegner rozpoczął współpracę z konspiracyjnym Polskim Towarzystwem Wydawców Książek. thumb|Grób Rudolfa Wegnera na warszawskich Powązkach W roku 1940 Wegner miał już poważne problemy zdrowotne. Zmarł 13 lipca 1941 na zawał serca. Został pochowany w grobie rodzinnym na cmentarzu Powązkowskim (kwatera 198-2-19,20). Z tej przyczyny Wanda Wegner nie przyjęła oferty Jana Gebethnera, prezesa Polskiego Towarzystwa Wydawców Książek, pochowania męża przy alei zasłużonych. Znając ciężką sytuację ekonomiczną społeczeństwa polskiego, nie zaakceptowała też pieniędzy oferowanych przez związek na ustanowienie nagrody literackiej im.