Podczas II wojny światowej kościół działał bez większych ograniczeń. Funkcjonowało przy nim seminarium duchowne, choć nie mogło przyjmować nowych kandydatów. Po zajęciu Łotwy przez ZSRR w 1944 roku zlikwidowana została działająca przy kościele uczelnia teologiczna, a w 1961 jej los podzielił klasztor, którego pomieszczenia zamieniono na mieszkania komunalne dla pracowników pobliskiego kołchozu. Księża obsługujący sanktuarium mieszkali w pomieszczeniu nad zakrystią. Agłona nieprzerwanie pozostawała centrum łotewskiego kościoła, pielgrzymowano do niej nawet w czasach stalinowskich prześladowań. Do Agłony zawsze też przybywali biskupi z Rygi, dla których udział w dorocznych obchodach święta Wniebowzięcia był jedyną okazją do kontaktu z wiernymi. W czasach okupacji radzieckiej, dzięki kościołowi w Agłonie, kościołowi łotewskiemu nie brakowało powołań kapłańskich. thumb|242px|Dwuwieżowa fasada bazyliki thumb|242px|Wnętrze 28 kwietnia 1980 roku z okazji 200. rocznicy ukończenia budowy papież Jan Paweł II oficjalnie nadal kościołowi w Agłonie tytuł bazyliki mniejszej. W sierpniu 1986 roku w bazylice zorganizowano uroczystości z okazji 800-lecia chrztu Łotwy, w których wzięło udział 150 000 pielgrzymów. W 1992 roku w oczekiwaniu na wizytę papieską rozpoczęto renowację bazyliki i powiększono teren wokół niej.