thumb|400px|Schemat blokowy. GNU Autoconf – zestaw narzędzi oraz makr M4 stworzonych w ramach projektu GNU, które służą do generowania skryptów powłoki mających zająć się procesem kompilacji programów komputerowych rozprowadzanych w formie kodu źródłowego.
Autoconf jest w stanie dostosować się do specyfiki wielu systemów operacyjnych bez angażowania użytkownika.
Kompilacja z użyciem autoconf Podstawowym plikiem dla Autoconfa jest configure.ac (w starszych wersjach używano configure.in, które wprowadzało w pomyłki poprzez podobiznę do Makefile.in, teraz narzędzia wyświetlają ostrzeżenie w przypadku używania starej nazwy). Na podstawie tego pliku program autoconf generuje skrypt configure w katalogu głównym pakietu z oprogramowaniem. Skrypt ten, który jest uruchamiany przez użytkownika końcowego, sprawdza obecność programów, bibliotek, nagłówków i spełnienia innych warunków określonych przez programistę. W zależności od zastosowanej konfiguracji, Autoconf zmienia tworzone przez siebie pliki Makefile, które to bezpośrednio odpowiadają za kompilację programu.