Tym razem objął to stanowisko bez problemówDavid Riggs, "The Zen of Books and Practice: The Life of Menzan Zuihō and His Reformation of Sōtō Zen", (w: Zen Masters, 2010), s 159..
Menzan był opatem przez 12 lat. Nauczał i odnawiał świątynie i klasztory w regionie. Prowadził wykłady na takie tematy jak Linji lu i Sutra ołtarzowa. W wielu przypadkach wykłady i rysunki zostały potem wykorzystane w jego późniejszych publikacjach. Przyciągał publiczność z całego spektrum buddyjskich linii przekazu, nie tylko wyznawców tradycji sōtō. Np. w 1720 r. prowadził wykłady z Linji lu zarówno dla mnichów rinzai, jak i dla ōbaku i sōtō. W tym samym roku dla wiernych Czystej Krainy wygłosił wykład na temat Sutry Lotosu. Przeprowadzał również ceremonie wskazań dla ludzi świeckich. Ukończył także jeden ze swoich głównych projektów, który dotyczył znaczenia i historii wskazań ordynacyjnych. Ta szczegółowa praca w trzech tomach została wydana dopiero 20 lat później. Napisał także pracę Samadhi Buddy, względnie nieformalną pracę wychwalającą sposób medytacji Dōgena. Została ona wydana przez świeckiego wyznawcę.