W listopadzie 1993 odbył się Synod założycielski Ewangelickiej Wspólnoty Uzbekistanu, będącej diecezją Kościoła Ewangelicko-Luterańskiego w Rosji i Innych Krajach. 19 października 1994 superintendentem diecezji uzbeckiej został wybrany ks. Kornelius Wiebe, a w 2000 objął on stanowisko biskupa niezależnego Kościoła Ewangelicko-Luterańskiego Uzbekistanu.
W związku z problemami finansowymi, brakiem możliwości kształcenia pracowników kościelnych oraz niemożnością obsługi duszpasterskiej i diakonijnej wiernych w oddalonych rejonach kraju, w kolejnych latach biskup zdecydował o zamknięciu niektórych parafii kościoła oraz po 2002 zaprzestał zwoływania synodów. W 2010 kościół liczył około 300 wiernych, z czego 200 w parafii w Taszkencie. Nabożeństwa prowadzone były w większości w języku niemieckim.
Biskup Kornelius Wiebe pełnił stanowisko do swojej śmierci w czerwcu 2015. W 2015 pozostały jedynie dwa zbory, w Taszkencie i Ferganie. W późniejszym czasie dzięki wsparciu Unii Kościołów Ewangelicko-Luterańskich w Rosji i Innych Państwach oraz świeckich kaznodziejów doszło do odnowienia kontaktów ze współwyznawcami z innych części kraju, a także pozyskano pomoc finansową.