Obecny charakter mauzoleum Zmiany polityczne i gospodarcze, które nastąpiły w Polsce po 1989 roku spowodowały rozpad Komitetu Honorowego. Fakt ten, a także trudności finansowe, wymusiły modyfikację projektu i opóźniły znacznie jego realizację. Niemniej idea budowy mauzoleum nie została nigdy zarzucona. 9 maja 1991 powołana została Fundacja „Pomnik-Mauzoleum” w Michniowie, której celem stała się aktywizacja wszystkich sił społecznych i politycznych na rzecz wspierania inicjatywy ocalenia od zapomnienia martyrologii wsi polskich.
W lipcu 1993 roku – w 50. rocznicę pacyfikacji – odsłonięto w Michniowie pomnik „Pietà Michniowska” dłuta Wacława Staweckiego. Z kolei w lipcu 1997 oddano do użytku nowy Dom Pamięci Narodowej. Mieści on stałą wystawę oraz ośrodek badawczy, dokumentujący martyrologię polskiej wsi w czasie II wojny światowej. Jednocześnie na placu za mogiłą ofiar pacyfikacji otwarte zostało tzw. Sanktuarium Męczeńskich Wsi Polskich. W sanktuarium umieszczane są krzyże symbolizujące polskie wsie spacyfikowane przez Niemców w latach 1939–1945 (jest ich obecnie kilkaset). W 2004 roku, z inicjatywy byłych żołnierzy 27 Wołyńskiej Dywizji Piechoty AK, na terenie sanktuarium odsłonięto również pomnik „Pożoga Wołynia”.