Następnym klubem w karierze Frühwirtha był FC Schalke 04, z którym w 1958 roku jedyne do tej pory w historii klubu mistrzostwo Niemiec. Następnie w latach 1969-1962 trenował niemiecki Karlsruher SC. Potem wrócił do austriackiej ekstraklasy do Austrii Wiedeń, z którym w sezonie 1962/1963 zdobył krajowy dublet: mistrzostwo Austrii i Puchar Austrii.
W 1964 roku ponownie został selekcjonerem reprezentacji Austrii, którym był do 1967 roku. W tym czasie prowadził austriacką drużynę w nieudanych dla niej w eliminacjach do mistrzostw świata 1966 i mistrzostw Europy 1968. Łączny bilans w reprezentacji Austrii to: 20 meczów - 7 zwycięstw - 3 remisy - 10 porażek, bramki: 21-32.
Potem trenował jeszcze niemiecki zespół Viktorii Köln i austriacki WSG Wattens, gdzie w 1971 roku zakończył karierę trenerską.
Sukcesy szkoleniowe Schalke 04 Mistrz Niemiec: 1958 Półfinał Pucharu Niemiec: 1955
Austria Wiedeń Mistrz Austrii: 1963 Puchar Austrii: 1963
Śmierć 27 lutego 1973 roku Eduard Frühwirth jadąc na zaśnieżonej autostradzie łączącej Monachium i Salzburg zderzył się z zaparkowanym samochodem.