Zdał dowództwo nad oddziałem oficerom 4. Bazy, zdołał wymienić złotówki na miejscową walutę, po czym z trzema oficerami amerykańskimi wyjechał do Bukaresztu (według dokumentów miał być krótko internowany w Tulcei i Babadag). W rumuńskiej stolicy zdał wóz polskim władzom i otrzymał paszport, do podróży pociągiem nad Morze Czarne, do Bałcziku. Po przekupieniu straży granicznej wszedł na pokład statku „Patris” (pod banderą grecką) opuszczając Rumunię 6 listopada. Przez Morze Czarne i Śródziemne dotarł do Malty. Oczekiwał tu na dalszą podróż. Jako oficerowi przysługiwała mu kabina I klasy z ordynansem, mimo wszystko brakowało ubrań. 20 listopada Karnkowski wysiadł ze statku Franconia w Marsylii. We Francji przebywał w bazie Lyon Bron. Utrzymywał się ze skromnej pensji dorabiając w brydża. W dniu upadku Francji zdołał dotrzeć na brzeg Morza Śródziemnego i ewakuować się do Oranu w Algierii, gdzie Francuzi wypłacając mu zaległe pieniądze umożliwili mu przejazd kolejowy do Casablanki. Stąd brytyjskim statkiem przez Gibraltar trafił 11 lipca 1940 roku do Wielkiej Brytanii lądując w Liverpoolu.