Trzecie wejście prowadzi do prezbiterium.
Wnętrze kościoła thumb|240px|Wnętrze Wnętrze kościoła, po zniszczeniach wojennych, odbudowano, według projektu profesora Zbigniewa Wzorka z Krakowa. Jego dziełem są trzy ołtarze i ambona z symbolami 4 ewangelistów. Główny ołtarz jest w trójkondygnacyjnej nastawie, umieszczony na ścianie apsydy prezbiterium. Ceramiczna płaskorzeźba pierwszej kondygnacji przedstawia ukoronowanie Matki Bożej, drugiej - świętych tysiąclecia, a trzeciej - kościół walczący. Nad głównym ołtarzem w zwieńczeniu symbol Trójcy Świętej, a pod nią figury patronów św. Apostołów Filipa i Jakuba. Na tle ołtarza umieszczony jest pochodzący z 1690 r. obraz Matki Bożej Miłosierdzia z dzieciątkiem Jezus. Niegdyś obraz znajdował się w kaplicy Linków, ale po II wojnie światowej przeniesiono go do ołtarza głównego. Z głównym ołtarzem harmonizują dwa ołtarze boczne marmurowe z figurami z drewna lipowego. Ołtarz Świętej Rodziny usytuowany jest po lewej stronie, natomiast po prawej stoją obok siebie św. Barbara, bł. Jadwiga i św. Katarzyna. Rzeźby i płaskorzeźby wykonała artystka rzeźbiarz Reichert- Tołthowa.